Detalles de la colección


Cepas de Microorganismos Halófilos



Dirección

IMEDEA (Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados, UIB-CSIC), Grupo Microbiología Marina / Calle Miquel Marquès 21
07190 Esporles (Mallorca) (Balears, Illes)

Sitio web

http://imedea.uib-csic.es/

Teléfono

+34971611826

Persona de contacto

Ramon Rossello-Mora

Email

rossello-mora@uib.es

Contenido de la colección

La colección de cepas se ha aislado de ambientes con elevada concentración de sales (ambientes hipersalinos) con un óptimo de crecimiento entre el 15% y 30% de sales. Estos aislados se consideran microorganimos halófilos y suman un total de 7.445 cepas.
El origen de las cepas es diverso, la gran mayoría proceden de sedimentos y salmueras de salinas del área mediterránea (3.727), en menor medida salinas de las islas Canarias (1.012 ), salinas de Lo Valdivia localizadas en Chile (732) y salinas del altiplano argentino (907).
Otro ambiente salino explorado es el generado en las narinas de la pardela cenicienta (Calonectris diomedea). Los aislados han sido obtenidos a partir de frotis realizados en aves reclutadas en las Islas Canarias tanto en pollos como en adultos (1067).
En las muestras de sedimentos y salmueras de salinas hay un claro predomio de las arqueas halófilas. Disponemos de una elevada diversidad de cepas sobretodo del género Halorubrum y también de los géneros Halogeometricum, Haloferax, Haloarcula, Haloplanus, Halobacterium, Natronomonas, Halovivax, Haloterrigena, Halorientalis, etc. En cuanto a las cepas que pertenecen al dominio Bacteria, contamos con un elevado número de la especie Salinibacter ruber (~1.000 cepas) aisladas de 6 salinas diferentes y en menor número tenemos representantes de los géneros Salicola, Halovibrio, Rhodovibrio y Pontibacillus.
En las muestras de narinas de pardelas igualmente predomina el dominio arquea sobre el dominio bacteria. Todas las arqueas aisladas y estudiadas de la colección pertenecen en su totalidad al género Halococcus. En cuanto a las bacterias, los géneros identificados de mayor a menor abundancia son los siguientes: Virgibacillus, Salinicoccus, Marinococcus, Chromohalobacter y Nesterenkonia.
Aunque la identificación taxonómica basada en el gen 16S ARNr de todas y cada una de las cepas no se puede proporcionar, este material constituye una colección muy interesante porque representa a una gran parte de los organismos cultivables de cada uno de los lugares muestreados y aporta datos acerca de la diversidad de los distintos ambientes estudiados.
Las cepas se encuentran organizadas en placas de 96 pocillos por procedencia, por medio de cultivo y gliceroladas en medio salino a -80ºC. Los medios de cultivo utilizados están basados en el medio Salt Water (Rodriguez-Valera et al, 1985) a concentraciones de sal que varían entre el 20 y el 30%.
La informatización del cepario se ha realizado con el programa File Maker. Cada placa de 96 lleva asociada información sobre procedencia, fecha, medio de cultivo, localización y modo de congelación.
Con el objetivo de clasificar todas las cepas que disponemos se llevó a cabo su clasificación mediante espectrometría de masas MALDI-TOF. Esta herramienta nos permite su clasificación según la similitud entre perfiles obtenidos para generar dendrogramas. Luego se realizó una selección de aislados representativos de cada grupo generado en el dendrograma para su posterior identificación filogenética basada en la secuencia del gen 16S ARNr.

Listado de las cepas:
Salinas de la Trinitat (Delta del Ebro):
Salmueras: 257 cepas
Sedimentos: 461 cepas
Salinas Santa Pola (Alicante):
Salmueras: 374 cepas
Sedimentos: 280 cepas
Salinas de S’Avall (Mallorca, Baleares)
Salmueras: 378 cepas
Sedimentos: 353 cepas
Salinas de Campos (Mallorca, Baleares)
Salmueras: 369 cepas
Sedimentos: 426 cepas
Salinas de Ibiza (Ibiza, Baleares)
Salmueras: 116 cepas
Sedimentos: 185 cepas
Salinas de Formentera (Formentera, Baleares)
Salmueras: 183 cepas
Sedimentos: 345 cepas
Salinas de Fuerteventura (Fuerteventura, Canarias)
Salmueras: 195 cepas
Sedimentos: 93 cepas
Salinas de Janubio (Lanzarote, Canarias)
Salmueras: 335 cepas
Sedimentos: 389 cepas
Salinas de Lo Valdivia (Chile):
Salmueras: 293 cepas
Sedimentos: 439 cepas
Salinas Ojo Seco, Salar Lluliallaco, Socompa (Altiplano Argentino)
Salmueras: 419 cepas
Sedimentos: 488 cepas
Pardelas (Gran Canaria, Canarias)
Pollos: 370 cepas
Adultas: 697 cepas

Servicios

El laboratorio de Microbiología Marina del IMEDEA ha utilizado las cepas como material de base para el desarrollo de numerosos estudios.
Las cepas procedentes de las salinas del área del Mediterráneo (Mallorca, Formentera), Islas Canarias (Fuerteventura y Lanzarote) y de Lo Valdivia (Chile) se utilizaron para realizar un estudio geográfico de microorganismos cultivables. Los resultados se pueden leer en el siguiente artículo científico:
Viver,T., Cifuentes,A.,Díaz,S., Rodríguez-Valdecantos, G.,Gozález,G., Antón,J., Rosselló-Móra,R. (2015) Diversity of extremely halophilic cultivable prokaryotes in Mediterranean, Atlantic and Pacific solar salterns: evidence that unexplored sites constitue sources of cultivable novelty. Syst.Appl.Microbiol.38,266-278.
Con anterioridad a la confección del cepario, se realizó un estudio sobre la microbiota de las narinas de pardela de las islas baleares.
Brito-Echeverría, J., López-López, A., Yarza, P., Antón, J., Rosselló-Móra, R. Occurrence of Halococcus spp. in the nostrils salt glands of the seabird Calonectris diomedea. Extremophiles. 2009. 13,557-565

Investigación

La línea principal de investigación del grupo de microbiología marina del IMEDEA consiste en la descripción de ecosistemas microbianos en ambientes hipersalinos. Se utilizan técnicas pioneras en el estudio de la diversidad de microorganismos cultivables mediante la espectrometría de masas MALDI-TOF y las técnicas más modernas de ecología molecular para llevar a cabo una descripción en mayor profundidad de la diversidad y dinámica de poblaciones microbianas no cultivables en ambientes hipersalinos mediante una a aproximación metagenómica y el uso de técnicas como la pirosecuenciación.
Además, al llevar a cabo el estudio de grandes colecciones de microorganismos cultivables nos permite el aislamiento de cepas no descritas anteriormente, como es el aislamiento de nuevas cepas del género Salinibacter, que nos permiten realizar análisis genómicos comparativos.

Certificación de la calidad

La colección no se ha sometido a un sistema de calidad.

Breve reseña histórica

La colección comienza en los inicios del 2010. Toda la recolección de las muestras ha sido realizada por personal del grupo de Microbiología Marina con desplazamiento hacia todos los lugares detallados tanto en territorio nacional como en Chile y Argentina a excepción de las muestras de pardelas que fueron enviadas desde un centro de recuperación de aves en Gran Canaria.
La siembra en placa se ha efectuado en el laboratorio de Microbiología Marina del IMEDEA en Esporles , su aislamiento y criopreservación se ha prolongado a lo largo de 5 años.